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免税事業者（いわゆる非課税事業者）とは

基準期間の課税売上高が1千万円以下の事業者としています。基準期間とは個人で言えば2年前、法人で言えば2期前の1年間です。
課税売上高とは、法律で非課税とされる売上以外の資産の譲渡や役務の提供すべてです。実際は、更に特定期間等細かい規定がありますのでご留意ください。
また、免税事業者でも課税事業者を選択することはできます。

インボイス制度が始まると

課税事業者は「適格請求書発行事業者」として登録され、登録番号が付与され、請求書や領収書にこの登録番号を記載し幾ら消費税を預かったかを明確にします。
免税事業者は実質消費税をもらっていないこととなります。

お金はどちらが多く残るか？

法人で売上1,000円 仕入500円 消費税10％での比較です。
課税事業者（適格請求書発行事業者）
売上1,000＋売上消費税100－仕入500－仕入消費税50－納付消費税50－法人税30％150＝350

免税事業者

消費税をもらわなかった場合
売上1,000－仕入500－仕入消費税50－法人税30％135＝315

消費税をもらった場合
売上1,000＋売上消費税100－仕入500－仕入消費税50－法人税30％165＝385

免税事業者で消費税をもらった場合が一番お金が残ります。しかし消費税をもらえないと課税事業者よりお金は残りません。
置かれた立場と顧客を考えて慎重な判断が必要です。